Las Instituciones de Educación Superior en México durante un largo tiempo consideraron como función sustantiva única la docencia. La globalización y sus efectos en los ámbitos cultural, económico, Político y financiero han impactado en la migración de una concepción de docencia a un esquema integral en las funciones del profesor que contempla la actividad de investigación, preponderantemente en las Instituciones de Educación Superior Públicas. Esta situación representó un cambio de paradigma en el diseño de sus políticas institucionales, así como cambios en las organizaciones que fueron operacionalizados de forma externa a las Instituciones por diversos programas y organismos. Entre los programas que mayor influencia han tenido en estos cambios estructurales, existen tres que han tenido mayor impacto en los actores de la educación son: El Programa para el Desarrollo Profesional Docente (PRODEP),  el Sistema Nacional de Investigadores (SNI) del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), Así como el programa de Estímulos al desempeño del personal docente (ESDEPED) que se evalúa en forma interna por las Universidades Públicas.  El estudio desarrolla un análisis de la evolución de los programas y la influencia que han ejercido en el cambio organizacional de las Universidades Públicas del país. Los programas han resultado positivos para el mejorar el desempeño de las Instituciones, pero se considera que su influencia ha mermado  autonomía de las Instituciones.