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El presente trabajo pretende ser una contribución en la ampliación de los estudios sobre la gobernanza de la ciencia, la tecnología y la innovación. Las olas tecnológicas están acelerando la dinámica en que se ejecutan las políticas públicas en estos campos y los gobiernos intentan llevar a cabo un reacomodo de sus instituciones, para asegurar el buen desarrollo de sus políticas públicas (Mazzucato and Semieniuk 2017). A la luz de la actuación que vienen realizando los países industrializados, emergentes y en vías de desarrollo, se observa que la dinámica en la adaptación gubernamental a los cambios tecnológicos ocurre en diferentes velocidades, dependiendo de las limitaciones que existen tanto en la estructura de gobierno como en la sociedad en su conjunto. En este contexto, están surgiendo un conjunto de interrogantes relacionadas sobre las condiciones que requiere la gobernanza de la ciencia, la tecnología y la innovación para adaptarse a las nuevas olas tecnológicas (Navarro et al, 2016). En este trabajo se identifican nuevos elementos inherentes a la estructura del Estado, que impiden la adaptación de la gobernanza a los nuevos cambios tecnológicos. También se conocen los alcances que tendría un país de poder desarrollar su economía utilizando las nuevas olas tecnológicas y finalmente se abona un camino para nuevas definiciones de la gobernanza. Se toman como ejemplo dos países en vías de desarrollo de América Latina: Ecuador y Venezuela. Se hace un análisis longitudinal de las políticas de innovación en los últimos dos períodos de gobierno, se identifican variables vinculadas con las políticas públicas y el cambio tecnológico. Se utiliza como soporte documental el conjunto de indicadores emanados de fuentes nacionales e internacionales reconocidas y los referentes teóricos vinculados con la economía de la innovación, cambio tecnológico y adaptación institucional.