Se presenta el análisis de los resultados de la implementación de la metodología aprendizaje basado en prototipos (ABProt), esta herramienta promueve el desarrollo de habilidades de innovación en educación superior. La propuesta metodológica está basada en cinco fases; identificación de necesidades, especificación de funcionalidades, planeación, sustento tecnológico, diseño, desarrollo y evaluación. Se provee al alumno y docente de una guía de implementación, plantilla y rubrica de evaluación, para que, mediante los conocimientos obtenidos aplicados, permita al alumno, la identificación de problemáticas del entorno, proponiendo una solución innovadora que da como resultado un prototipo, en este proceso el docente se vuelve un elemento activo y participativo en el desarrollo del proyecto. Se evaluó en un periodo de dos años, durante las ferias de ciencias de la Universidad del Valle de Puebla, en las áreas de ingeniería, obteniendo un análisis comparativo del desarrollo de las habilidades de innovación en diferentes especialidades de ingeniería, así como la recolección de experiencias de implementación con docentes y alumnos. Los resultados obtenidos permiten concluir que el método contribuye al desarrollo de habilidades relacionadas con la innovación.