La formación de docentes en los diferentes contextos educativos universitarios debe pasar de perspectivas escolásticas, lineales y técnicas a perspectivas críticas que permitan la reflexión permanente, concreta y explícta sobre la propia práctica, perspectivas que promuevan además, actitudes de autorregulación y reflexión permanente en favor de la construcción de conocimiento pedagógico y didáctico. Ahora, analizar todo lo que ocurre en el aula de clases es una proceso complejo y de dificil comprensión para el mismo docente, por ello, una de las alternativas que se expone es focalizar la reflexión sobre aspectos estructurales y funcionales del rol del docente. En esta oportunidad se muestra cómo la reflexión sobre la epistemología del mismo docente en relación con la  enseñanza de la argumentación en ciencias generó cambios de orden conceptual en un grupo de docentes en formación. La investigación de naturaleza cualitavia, se desarrolló en el programa de Licenciatura en biología y química de la Universidad de Caldas, Colombia. Los resultados obtenidos, tras dos aplicaciones de un cuestionario y la discusión teórico práctica sobre la argumentación científica escolar y su enseñanza, muestran cambios significativos en aspectos como: la conceptualización de la argumentación como práctica epistémica y como proceso dialógico y dialéctico entre los estudiantes;  la consolidación de los debates y las actividades grupales como mediadoras en el logro de este objetivo y también, la concientización de asumir que la contextualización de los saberes, tarea exclusiva del docente, garantiza la creación de ambientes de enseñanza y aprendizaje pertinentes para promover la contrastación de los saberes, el desarrollo de actitudes y la resolución de problemas.