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La integración latinoamericana se ha caracterizado por altibajos en diferentes aspectos, sin embargo, las instituciones y el intercambio comercial poseen el papel preponderante. Por un lado, los procesos de integración latinoamericana, en particular el MERCOSUR y su búsqueda de la supranacionalidad como pilar de un consenso institucional, representa una de las características principales del más alto nivel de integración que a pesar de esfuerzos en la creación de órganos a nivel regional, no se evidencia un impacto de las decisiones para que sus miembros las adopten de manera inmediata, prevaleciendo un funcionamiento intergubernamental. Por el otro, el contexto de hoy de la integración en AL presenta la proliferación de acuerdos y mega acuerdos comerciales interregionales y multilaterales, como Alianza del Pacífico, que impactan en un devenir diferente para la integración económica. Este documento examina estas situaciones que influyen en la institucionalidad de ambos procesos de integración, tanto del Mercosur como de Alianza del Pacífico. En este sentido, se discute ¿Cuál es el papel de la supranacionalidad en el contexto actual para la integración latinoamericana? Luego, se analiza cómo ha sido el proceso de integración económica para MERCOSUR y Alianza del Pacífico, en términos de avances y retrocesos significativos en los últimos 5 años. Finalmente, se analizan los procesos de toma de decisión en temáticas de intercambio comercial. Se concluye que, aunque son miradas diferentes de la integración, la institucionalidad basada en una dicotomía de lo supranacional e intergubernamental requiere de su re-direccionamiento hacia un papel completamente renovado de sus instituciones.