El escritor de ficción especulativa y teórico Samuel Butler es frecuentemente citado por Lynn Margulis como figura importante en su concepción de la evolución. Caracterizado por sus obras en las raíces del transhumanismo, Samuel Butler es pionero en ideas sobre la rebelión de las máquinas, abogando por una cautela humana para impedirla. Introduce una ruptura de la división entre organismo y tecnología al analizar a las máquinas como un posible nuevo estadio evolutivo. Este estadio se hallaría para Butler en una potencial interacción ecológica competitiva con la humanidad. Para Lynn Margulis, las ideas más importantes de Butler se encuentran en sus especulaciones sobre las habilidades innatas y los instintos. Para Butler, el proceso evolutivo de creación los instintos funciona con la fijación de un acto consciente en el pensamiento inconsciente. Es decir, para Butler, un acto realizado de forma deliberada se tornaría intrínseco a la larga. Tras esta explicación se encuentra una crítica al mecanicismo de Darwin, y Margulis encuentra en esta postura un apoyo para su biología centrada en las interacciones holistas. Margulis reconoció además apoyarse en Butler para defender su idea de la consciencia como una realidad intrínseca a la autopoiesis. Esta idea le resultaría de utilidad para abogar por la importancia de los microorganismos.