Objetivos: Analizar las brechas de desigualdad en la privación de las habilidades matemáticas del sistema educativo de Ecuador, así como su relación con el estatus socioeconómico, el tipo de financiamiento escolar y el grupo étnico de los estudiantes. Métodos: Análisis secundario de los logros de aprendizaje y de las encuestas de factores asociados aplicadas censalmente, durante el período 2014-2018, para estimar las asociaciones estadísticas, los coeficientes de regresión y la magnitud de las brechas. Resultados: De 1 038 328 evaluados, el 33.5% (348 270) no desarrolló las habilidades mínimas y los estudiantes afroecuatorianos, Montuvios e indígenas exhibieron las tasas más altas de privación educativa con 0.412, 0.378 y 0.326, respectivamente. Durante el periodo de estudio, el primer quintil socioeconómico redujo su tasa de privación 19.4% (0.501 → 0.404) y el quintil más rico en 25.9% (0.189 → 0.140); las mayores brechas entre ricos y pobres se observaron en el sector privado, tanto en área rural (41%) como urbana (32%). A nivel escuela se hallaron dos factores para la privación educativa: el índice de diversidad étnica, con una relación exponencial entre las tasas de privación de las escuelas agrupadas por alto y bajo nivel de diversidad (R2=0.98, p<0.001), y el índice socioeconómico (R= 0.58, p<0.001). Conclusiones: Este análisis muestra aspectos estructurales de la desigualdad y la magnitud de las brechas por condiciones de origen étnico y socioeconómico. Además, señala que las escuelas privadas discriminan a algunos de sus estudiantes por su origen étnico.