Toda entidad educativa puede enfrentar problemas de reprobación, deserción estudiantil y bajos índices de eficiencia terminal; además, es importante que cada institución verifique los factores relacionados a dichos problemas, con el fin de implementar estrategias para contrarrestarlos. El objetivo del estudio fue determinar los factores asociados a la reprobación en estudiantes de medicina. La metodología fue un enfoque Epidemiológico, observacional, retrospectivo, de casos y controles emparejados; con una muestra de 114 casos (reprobados) y 114 controles (aprobados), que fue tomada de las asignaturas con mayor reprobación en el ciclo II-2017. Se encontró que los problemas familiares (OR: 2 ; 95% IC: 1.12; 3.59), emocionales (OR: 2.42; 95% IC: 1.41; 4.14), de salud (OR:1.82; 95% IC: 1.01; 3.25 ) cuidar a algún familiar (OR: 2.86; 95% IC: 1.147; 7.159), metodología de enseñanza del maestro (OR: 10.06; 95% IC: 3.77; 26.79) y problemas de aprendizaje (OR 6.44; 95% IC: 2.375; 17.464), tuvieron asociación significativa con la reprobación. Asimismo, se encontraron subfactores protectores dentro del factor Metodología de enseñanza del maestro (Maestros que explican con claridad OR: 0.23; 95% IC: 0.13; 0.40, suficiente material didáctico OR: 0.42; 95% IC: 0.22; 0.80, los maestros dominan el tema OR: 0.38; 95% IC: 0.19; 0.75, participación grupal en clase OR: 0.38; 95% IC: 0.21; 0.71, método de enseñanza adecuado OR: 0.37; 95% IC: 0.20; 0.70, contenidos con aplicación práctica OR: 0.38; 95% IC: 0.19; 0.72). Se concluyó que los problemas familiares, emocionales, de salud, el cuidar un familiar y los problemas de aprendizaje del estudiante son factores de riesgo asociados significativamente a la reprobación. Los subfactores protectores fueron maestros que explican con claridad, suficiente material didáctico, maestros que dominan el tema, participación grupal en clase y contenidos con aplicación práctica.