En materia de salud laboral, el Gobierno de Colombia ha establecido a través de sus Ministrios de Trabajo y Salud, diferentes elementos normativos encaminados a mejorar las condiciones laborales de los trabajadores que derivan en la prevención de la enfermedad y la promoción de la salud en en el entorno laboral, para lo cuál se han propuesto las denominadas Guías de Atención Integral en Seguridad y Salud en el Trabajo (GATISST) planteadas como políticas públicas en salud laboral que detallan factores de riesgo y recomendaciones para la prevención, vigilancia, diagnóstico e intervención de cada uno de los eventos de exposición que pueden derivar en enfermedades de origen laboral, las cuales se sustentan en evidencias científicas, para ser utilizadas como herramienta por parte de todos los actores del referido Sistema General del Riesgos Laborales. Sin embargo para establecer el impacto real del trabajo realizado por los expertos en los sectores productivos, es necesario analizar dichas recomendaciones y la aplicación real en los entornos laborales. En tal sentido para este trabajo se tomaron dos poblaciones trabajadoras expuestas a sustancias químicas, una perteneciente al sector sanitario y otra al sector agrícola, en Colombia, donde se revisaron documentos y registros relativos al diseño e implementación del Sistema de Gestión de Seguridad y Salud en el Trabajo y otros planes y/o programas de salud aplicables según el caso emulando la metodología propuesta por la NTC ISO 19011 en el que el principal criterio de verificación se centró en las recomendaciones de las referidas GATISST, concluyendo que existe desarticulación en los niveles de gobernanza del Estado que impiden la operativización y aplicación real de las políticas públicas orientadas a la prevención del impacto de las sustancias químicas en la salud del los trabajadores.